Сделать проверку поля при регистрации и оборвать ее в случае неудачи

AddEventHandler("main", "OnBeforeUserRegister", "OnBeforeUserRegisterHandler");
// а заодно и при обновлении данных пользователем
AddEventHandler("main", "OnBeforeUserUpdate", "OnBeforeUserRegisterHandler");
// описываем саму функцию
function OnBeforeUserRegisterHandler($args)
{
    $userBy = "UF_USER_POINTS";
    $userOrder = "desc";
    $userFilter = array(
        'UF_CARD_NUMBER' => $args['UF_CARD_NUMBER']
    );
    $rsUser = CUser::GetList(
        $userBy,
        $userOrder,
        $userFilter,
        array(
            'SELECT' => array())
    );
    if ($user = $rsUser->Fetch())
    {
        $GLOBALS['APPLICATION']->ThrowException('Пользователь с этой картой уже зарегистрирован!');
        return false;
    }
    return true;
}